Au théâtre, Fabien Dupuis était, des productions suivantes: Don Juan, Le jeu de l'amour et du hasard, Le sein, Le bonheur c'est pas bon pour la santé, L.S.D. L'homme et son destin, La main dans l'sac, Les 36, Les Contes urbains et dans la production de son propre texte, Isabelle.
Au cinéma, il a joué dans On a marché sur la lune, Montréal vu par..., Un même sang (rôle pour lequel il a remporté un prix Gémeaux dans la catégorie Meilleur acteur de soutien dramatique), L'oreille d'un sourd et Crème glacée et autres consolations. En 2016, il a participé à la websérie Barman réalisée par Sébastien Gagné et a pris part à plusieurs radio-théâtres réalisées par Lyne Meloche.